Schelling n'a jamais cessé d'être intéressé par les rapports de l'Eglise et de l'Etat dans la société moderne. La voie dialectique dont il use pour tenter de mettre en relation les deux concepts lui permet de construire toute une généalogie de l'articulation concrète des deux formes de pouvoir. A travers les critiques qu'il fait de cette articulation, apparaît une image de l'Eglise, propre à la pensée de Schelling, qui cherche à surmonter les contradictions perçues et vécues dans les institutions modernes. Cette image, symboliquement proche de l'Eglise de Jean, est clairement distincte de l'eschatologie joachimite dans la mesure où elle prétend fournir à la foi une solution dans sa rencontre avec la modernité.